Sứ mệnh được tuyên bố của đoàn là "bảo vệ, phát huy, và phát triển sức khỏe và an toàn cho quốc gia". Các viên chức của đoàn thuộc nhiều cơ quan và chương trình khác nhau được giao phó trách nhiệm như sau:

• Giúp chăm sóc sức khỏe và cung cấp các dịch vụ liên quan cho những nhóm người thiếu chăm sóc y tế: người Mỹ bản thổ, người bản thổ Alaska, và nhiều nhóm dân khác cần chăm sóc đặc biệt;
• Ngăn ngừa và kiểm soát dịch bệnh, nhận dạng các chất gây hại sức khỏe trong môi trường và giúp chấn chỉnh chúng, và vận động lối sống lành mạnh cho công dân;
• Cải thiện sức khỏe tinh thần của quốc gia;
• Bảo đảm rằng thuốc uống và các dụng cụ y tế phải an toàn và hữu hiệu, thức an phải an toàn và bổ dưỡng, mỹ phẩm không gây hại, và rằng các sản phẩm điện tử không gây ra số lượng phóng xạ nguy hiểm cho người sử dụng;
• Tiến hành và hỗ trợ nghiên cứu các dịch vụ y tế, y tế sinh học, và hành vi và trao đổi các kết quả nghiên cứu với các chuyên gia y tế và với công chúng;
• Cùng làm việc với các cơ quan quốc tế và quốc gia khác về các vấn đề y tế toàn cầu và cách giải quyết chúng.

Ngoài ra, đoàn còn cung ứng các viên chức (viên chức y tế, nha khoa, y tế môi trường, trị liệu) cho các lực lượng đồng phục khác, chủ yếu là Tuần duyên Hoa Kỳ và Đoàn Ủy nhiệm Quản trị Đại dương và Khí quyển Quốc gia. Các viên chức của đoàn cũng có thể được cử đến các cơ quan liên bang khác.